Журнал Nature объяснил, почему авторы отозвали статью о вреде «анти-ВИЧ мутации»

Публикация о том, что мутация в гене CCR5 не только делает человека неуязвимым к действию большинства штаммов ВИЧ, но и сокращает ему жизнь, была отозвана из-за ошибочной методики подсчета числа носителей этой вариации в геномных банках данных. Об этом сообщила новостная служба научного журнала Nature, который опубликовал это исследование.

© Medicimage / Globallookpress.com

«Существует масса методик обнаружения подобных статистических погрешностей, но мы, к сожалению, не использовали ни одну из них. В результате мы не заметили того, что небольшое число носителей двух копий мутантной версии CCR5 объяснялось ошибками генотипирования», — объяснил Nature генетик Расмус Нильсен, один из авторов отозванной статьи.

Относительно давно ученые и врачи столкнулись с тем, что организм очень небольшого числа носителей ВИЧ подавлял размножение вируса необычно долго, или же избавлялся от него навсегда или на неопределенно долгий срок. Яркий пример этого — так называемые «берлинский» и «лондонский» пациенты, которые стали неуязвимыми к действию вируса после пересадки костного мозга.

Их стойкость к действию большинства распространенных штаммов вируса иммунодефицита была связана с наличием в геноме человека нескольких генов, которые предположительно почти не влияли на работу самих иммунных клеток, но были критически важны для размножения и распространения вируса.

Соответственно, когда в таких участках ДНК, в частности, в генах CXCR4 и CCR5, появляются мутации, это делает их носителей фактически неуязвимыми к действию ВИЧ или необычайно стойкими к нему. Подобная черта была характерна, в частности для так называемого «ребенка из Миссисипи», чей организм отражал атаки вируса несколько лет без антиретровирусной терапии.

Год назад китайский молекулярный биолог Цзянькуй Хэ заявил о том, что ему удалось модифицировать ген CCR5 в ДНК эмбриона схожим образом и получить первых «трансгенных» детей, неуязвимых для действия ВИЧ. Эти скандальные заявления заставили многих ученых, в том числе Расмуса Нильсена и его коллегу Синьчжу Вэя, проверить, как еще появление мутации в этом участке генома может повлиять на организм.

Статистические погрешности

Проанализировав геномы нескольких тысяч британцев из генетической базы данных UK BioBank, калифорнийские генетики пришли к неожиданному выводу — появление одной или двух копий мутантной версии CCR5 вело к сокращению продолжительности жизни. Это заявление вызвало не меньше споров, чем презентация самого создателя «трансгенных детей», и сразу несколько научных групп попытались получить аналогичные выводы, анализируя геномы из UK BioBank и другие наборы данных.

Повторный анализ данных не подтвердил заявлений Нильсена и Вэя, в связи с чем неделю назад сами авторы статьи отозвали статью из печати, а редакция Nature официально исполнила их просьбу в начале этой недели. Последующий анализ показал, что ошибка заключалась в том, что ученые неправильно подсчитали число носителей двух копий CCR5, которая защищает человека от ВИЧ. Это исказило статистику и создало впечатление, что пожилые носители этой мутации живут в среднем меньше, чем остальные жители Британии.

Эти ошибки, в свою очередь, как выяснили Нильсен и известный палеогенетик Дэвид Рэйч, работающий в Гарварде, были связаны с тем, как следы этой мутации искали в геномах пациентов сами создатели UK BioBank и отмечали их в финальных данных. По случайному стечению обстоятельств, подобные проблемы были характерны только для CCR5, но не других генов, связанных или не связанных с ВИЧ.

Как подчеркивают авторы отозванной статьи, их отказ от первоначальных выводов не означает, что манипуляции с геномом первых «трансгенных» детей были безопасными для их здоровья. В первую очередь, это связано с тем, что Хэ Цзянькуй изменил их копии CCR5 несколько иным способом, а также с тем, что пока непонятно, привело ли редактирование генома к появлению случайных изменений в других участках ДНК.

Статья опубликована в журнале Nature

Присоединяйтесь к нам ВКонтакте, будьте здоровы!